La liga seguia en decadencia, hubo desfile de tecnicos, P.Gonzalez, JR.Figueroa, Azorena y el Marugo pasaron por el banquillo con muy malas actuaciones y poco interes termino en que incluso algunos jugos ya ni llevaron a cabo al final sin lograr el campeonato se dedicaron a Copas y nada más.

En 1942 la liga del DF pidieron que el Guadalajara dejara de aportar a una selección y que fuera a participar completo bajo el nombre de Jalisco por los intermediarios que les causaban a los directivos, al no aceptar los capitalinos con miras en una liga Mayor ó Nacional invitaron entonces a el Guadalajara y al atlas a la copa del 43 , bjo el mando de F.Prieto donde perderían con el atlas y el Marte capitalino y le ganaron al Asturias y al América quienes también peleaban por la calificación, apenas pasamos a cuartos por milésimas dejando al américa en el camino y enfrentarían al atlante quien los elimino de la justa 6-1

Como por andar en el torneo capitalino y en la copamx, ya no hubo tiempo de inscribirse a la liga, para a mantener competición partieron al equipo para enfrentar también la copa Jalisco, aqui bajo la dirreccion de Aceves, donde enfrentaron equipos como la UAG, Corona Occidente Chapala , SUTAJ, y el atlas y donde no se pudieron hacer de ningún trofeo, pero al salir de occidente dio el paso para que el siguiente año se iniciara la era profesional.